2000

Приоритетным направлением работ для института остается деятельность для отечественного ВМФ. Институт выполняет работы в обеспечение всех без исключения проектов надводных кораблей и подводных лодок: разрабатывающихся, закладывающихся, сдающихся, находящихся в постройке.

Все более значимыми становятся работы для нефтегазового комплекса. Это научные исследования, проектные и  опытно-конструкторские проработки в области океанотехники, направленные на создание перспективных морских платформ, а также ледостойких морских сооружений, платформ, терминалов и специализированных морских транспортно-технологических систем.

В июне 2000 г. заключается договор об установлении шефских связей и техническом сотрудничестве между коллективом ЦНИИ им. акад. А.Н. Крылова и экипажем гвардейской атомной подводной лодки «Гепард» (пр. 971).

2001

Самой значимой работой 2001 г. стало научно-техническое сопровождение операции подъема АПЛ «Курск». В том же году институт получил сертификат соответствия и аккредитация его лабораторий Deutschen Akkreditierungs Pat (Немецкая система аккредитации в области испытаний). В 2002 г. институт становится победителем конкурса на соискание премии Санкт-Петербурга по качеству в номинации «Промышленные организации».

Основой деятельности института все более становится инновационный подход.

2004

Институт посетила губернатор Санкт-Петербурга В.И. Матвиенко .

Начато самостоятельное производство отдельных элементов оборудования судов, что позволяет ускорить инновационный процесс внедрения новых научных разработок в практику судостроения. Начаты поставки:

• резиновых армированных акустических покрытий для шумопоглощения и шумозаглушения;
• радиопоглощающих покрытий;
• систем антикоррозионной защиты;
• радиоэлектронной аппаратуры и приборов с использованием высоких технологий и т. д.

Институт является коллективным членом наиболее авторитетных международных организаций в области судостроения, участником практически всех крупнейших международных выставок, конференций, симпозиумов. Портфель заказов института составляют контракты и договора по гражданской и военной тематике с отечественными (Министерство промышленности и торговли РФ, Министерство обороны РФ, предприятия судостроения, «Росшельф», «Севморнефтегаз», «Лукойл» и др.) и иностранными («Эксон», «Сахалинэнер-джи» , «Браун & Рут», «Мосс Маритайм А.С.», «АББ «Азипод», «Регистр Ллойда», «Сайпем» и др.) заказчиками. Итогом работы на внешнем рынке стали более 450 контрактов, выполненных за период с 1991 г. с фирмами Великобритании, Германии, Италии, Индии, Канады, Китая, Норвегии, Республики Корея, США, Франции и других стран.

2006

Институт посетил первый вице-премьер правительства РФ и министр обороны С.Б. Иванов в сопровождении руководителя федерального агентства по промышленности  Б.С. Алешина и главкома ВМФ В.В. Масорина .

Осуществляется общее руководство деятельностью по разработке Стратегии развития судостроительной промышленности на период до 2020 г. и на дальнейшую перспективу. С участием 70 предприятий судостроения и других отраслей промышленности институтом разработана Федеральная целевая программа «Развитие гражданской морской техники на  2009—2016 гг. »

2009

Посещение института председателем правительства РФ  В.В. Путиным

Начато строительство новых экспериментальных стендов, в частности нового ледового и оффшорного бассейнов, стенда для натурных испытаний новых систем электродвижения и др.

2010

Завершено строительство крупнейших в мире полупогружных разведывательно-добывающих платформ пр. 22590, спроектированных в институте.

2011

Спущено на воду уникальное научно-исследовательское судно ледового класса «Академик Трёшников», построенное по проекту института.