1960

Выполняется большой объем работ в области гидродинамики противолодочных надводных кораблей. В частности пр. 159 (для них разработаны винты регулируемого шага со значительной по тому времени подводимой мощностью) и, в особенности, пр. 35 и 204, для которых институт специально создал не имеющий аналогов в мировой практике двухступенчатый газоводометный движитель (гидромотор).

1962

Институт посетил первый секретарь ЦК КПСС Н.С. Хрущев

Начался новый этап в развитии нашего кораблестроения, характеризующийся переходом к
серийной постройке атомных подводных лодок первого поколения, в том числе с ракетным оружием, ракетных кораблей и катеров.

Активно ведутся работы в обеспечение строительства гражданских судов всех типов.

1963

Выделение из института подразделений, занимавшихся автоматикой и электротехникой, организация на их базе центральных научно-исследовательских институтов корабельной автоматики и судовой электротехники (ныне Ц НИИ «Аврора» и Ц НИИ «СЭТ» ).

Директором института назначается А.И. Вознесенский .

1965

Институт посетил Генеральный секретарь ЦК КПСС Л.И. Брежнев в сопровождении секретаря ЦК КПСС Д.Ф. Устинова , министра обороны Р.Я. Малиновского , министра судпрома  Б.Е. Бутомы и главкома ВМФ С.Г. Горшкова .

1967

Завершен важный этап в формировании структуры института. Созданы отделение гидро- и аэродинамики скоростных судов; отделение электромагнитной защиты кораблей; сначала самостоятельный отдел, а затем отделение перспективного проектирования гражданских судов; два отделения, перед которыми стояла задача повышения скрытности подводных лодок и надводных кораблей (одно из них занималось проблемой снижения шума и вибрации корабельного оборудования как первопричины создания первичного акустического поля объектов, а второе — вопросами уменьшения интенсивности как внешнего первичного, так и вторичного акустических полей); самостоятельный отдел внедрения вычислительной техники.

Вступление в строй первых атомных подводных лодок второго поколения, а также противолодочного крейсера-вертолетоносца «Москва» (пр. 1123) ознаменовало начало следующего этапа в развитии отечественного судостроения.
Важнейшим инструментом становятся разработанные институтом математические модели и методы оценки боевой эффективности кораблей и экономической эффективности судов с учетом реально существующей неопределенности и изменчивости внешних условий.

С помощью постоянно совершенствуемого методологического аппарата и  математико-вычислительных средств институтом совместно с другими организациями отрасли и заказчиками разрабатывались все проекты планов судостроения, являющиеся основой утверждаемых директивных документов.

Ведутся интенсивные исследования по гидроаэродинамике экранопланов: выбор оптимальных форм фюзеляжа, крыльев, элементов механизации и т.д.

Активизируются работы в области гидродинамики гражданских судов, ледоколов и средств океанотехники.

1970

Активное участие института в проектировании первого отечественного авианосного корабля с самолетами ВВП ( ЯК-38  М) пр. 1143.

Организация филиалов института в Севастополе и в Чкаловске, неподалеку от г. Горький, а также лабораторий в Приморске и Сухуми для проведения натурных и полунатурных исследований.