1931

Создание на базе Опытового бассейна и работавших при нем лабораторий Научно-исследовательского института военного кораблестроения (НИВК).

1932

Начало модернизации бассейна, включающей его удлинение на 27 метров, и установка новой быстроходной автоматизированной тележки.

Постройка здания специальной лаборатории для размещения кавитационной трубы, закупленной в Германии еще перед I мировой войной.

В первой половине 1930-х гг. в НИВКе стало формироваться новое направление — исследовательское и перспективное проектирование кораблей, в которое входила разработка тактико-технических заданий (ТТЗ), предэскизных и даже отдельных эскизных проектов практически для всех отечественных кораблей.

1936

Создание специализированной организации «Судбасстрой» для проектирования и строительства нового комплекса Опытовых бассейнов и экспериментальных установок для НИВК на Средней Рогатке. Строительство комплекса зданий началось в 1936 г.

Середина 30x ~ конец 30x гг.

Проектирование (начальные стадии) в НИВК кораблей «большого» флота в том числе линейных кораблей пр. 23, тяжелых крейсеров пр. 69, легких крейсеров пр. 26 и 68, эсминцев пр. 7, 7У, 3О, подводных лодок всех основных подклассов и боевых катеров.

В  1930-е гг. решен ряд проблем проектирования в области прочности. Создана нормативно-техническая база, позволившая обеспечить проектирование и строительство кораблей и судов всех классов, включая подводные лодки. Написанные в те годы А. Н. Крыловым , Ю.А. Шиманским , П.Ф. Папковичем , В.В. Новожиловым монографии представляют собой, по сути, энциклопедию строительной механики корабля.

1937

Директором Института назначается инженер-капитан 2 ранга К.Л. Григайтис , до этого являвшийся флагманским инженер-механиком соединения подводных лодок Краснознаменного Балтийского флота.

1938

В 1938 г. директором Института назначается инженер-капитан 2 ранга И.В. Харитонов .

Передача научно-исследовательского института военного кораблестроения Наркомату оборонной промышленности СССР, превращение его в головной научно-исследовательский институт судостроения НИИ-45 . Выделение из Наркомата оборонной промышленности самостоятельного Наркомата судостроительной промышленности. Наркомат возглавил И.Ф. Тевосян , по инициативе которого принято решение о передаче НИВКа из  Рабоче-Крестьянского Красного флота в промышленность с сохранением военнослужащих института в кадрах флота.

1939–1940

Перевод большей части Научно-исследовательского института судостроения и судовых стандартов, именовавшегося тогда НИИ-4 , в  НИИ-45 ; преобразование института в центральный — ЦНИИ-45 .

Начало проектирования первых отечественных авианосцев (пр. 71). ЦНИИ-45  — первая и единственная организация Народного комиссариата судостроительной промышленности, которая работала над этой проблемой. Кроме этого, институт занимается разработкой и созданием корабельных катапульт для самолетов.

В 1940 г. директором ЦНИИ-45 становится В.И. Першин  — инженер-капитан 2 ранга (впоследствии инженер-контр-адмирал ).

1941–1945

Участие сотрудников Института в Великой Отечественной войне: на фронтах и флотах в составе боевых частей и в обороне Ленинграда. Научно-исследовательские подразделения института обеспечивают ремонт и восстановление боевых кораблей, обеспечивают нужды флотов, устраняют конструктивные недостатки кораблей и боевой техники. Разрабатывают рекомендации по улучшению тактико-технических элементов и  тактико-технических характеристик.

Интенсивно изучается и обобщается боевой опыт, трофейная и  «ленд-лизовская» техника, осуществляется проектирование кораблей, ранее не предусматривавшихся довоенными программами. Продолжаются фундаментальные научно-исследовательские и  опытно-конструкторские работы. Ведутся проектные исследования, направленные на создание послевоенного флота.

Из почти 500 сотрудников Института, непризванных в армию, около 400 человек было эвакуировано в г. Казань. В блокированном Ленинграде оставалось около 80 человек. Они и составили ленинградское отделение института. В их задачу входило сохранение экспериментальной базы Новой Голландии и на территории Судбасстороя, оказание технической помощи судостроительным заводам и содействие флоту и фронту.

В частности, на базе лабораторий института была развернута мастерская по ремонту двигателей торпедных катеров, в которой было отремонтировано 96 моторов. Специалисты института участвовали в ремонте и восстановлении боевых кораблей, находившихся в Кронштадте и в Ленинграде. Одновременно обобщался боевой опыт повреждений.

В 1942 г. была завершена разработка специальных ледовых гребных винтов. Директор Института В.И. Першин под легендой преподавателя Ленинградского кораблестроительного института с группой специалистов Народного комиссариата судостроительной промышленности был направлен в США для изучения опыта военного и гражданского судостроения.

Начиная с 1943 г., институт обеспечивал освоение «ленд-лизовской» техники, поступавшей из США и Великобритании. Группа во главе с  Г.И. Зотиковым завершила предэскизную проработку первого образца корабельной газотурбинной установки. В сентябре, не смотря на все трудности, была введена в эксплуатацию кавитационная труба, а затем и Опытовый бассейн.

Во время блокады от голода, артобстрелов и бомбежек погибло более 60 сотрудников.

Казанская группа института в основном занималась фундаментальными и поисковыми научно-исследовательскими работами. В частности, в 1942 г. Ю.А. Шиманский и  В.Ф. Безукладов разработали проект технических условий на расчет прочности конструкций судового корпуса. Ю.В. Кривцов в Малом бассейне КБ в г. Горьком организовал испытания масштабных серий моделей кораблей. Продолжались исследования по проблеме взаимодействия между гребными винтами и корпусом корабля — самой сложной из проблем ходкости, по приобретавшей все более серьезное значение проблеме вибрации, решался ряд практических задач по повышению скрытности подводных лодок (в частности борьба с искрением выхлопа дизелей) и т. д.

В 1943 г. сотрудники Казанской группы провели в Каспийском море успешные натурные испытания опытной установки активных успокоителей качки.

1944

Присвоение ЦНИИ-45 имени академика А.Н. Крылова , бывшего в 1900–1907 гг. заведующим Опытовым бассейном, а затем принимавшего активное участие в его работе; награждение института орденом Трудового Красного Знамени (орденами Ленина и Октябрьской Революции институт был награжден в 1963 и 1984 гг.).