Отделение программных исследований и планирования (ОПИиП, до 2014 года — Центр координации программ) как самостоятельное подразделение Крыловского государственного научного центра было создано в 2012 году. До этого времени, с 1970 года, оно существовало в качестве отдела технико-экономических исследований в составе 1 отделения. Отдел возглавляли: с 1970 по 1976 год — Александр Абдугапарович Нарусбаев; с 1976 по 1992 год — Владимир Тихонович Джеломанов; с 1992 по 2014 —Александр Варленович Пен.

Отделение имеет накопленный практический опыт перспективного программно-целевого планирования развития судостроения. Специалистами отделения разрабатывались проекты кораблестроительных программ, «Генеральные схемы развития отрасли» и другие программно-целевые документы.

В последние годы ОПИиП разрабатывало и координировало реализацию:

• «Стратегии развития судостроительной промышленности на период до 2020 года и на дальнейшую перспективу»;
• Федеральной целевой программы «Развитие гражданской морской техники» на 2009-2016 годы;
• Государственной программы Российской Федерации «Развитие судостроения и техники для освоения шельфовых месторождений на 2013 - 2030 годы».

Отделение занимается научно-методическим сопровождением и информационно-аналитическим обеспечением реализации государственной политики в сфере судостроительной промышленности. Соответственно, основным заказчиком работ отделения является Министерство промышленности и торговли Российской Федерации в лице департамента судостроительной промышленности и морской техники. Также заказчиками работ выступают: НТЦ «Информтехника» — филиал ФГУП «НИИСУ», АО «ЦТСС» и другие организации. Отделение открыто для сотрудничества при выполнении системно-аналитических НИОКР любой направленности.

Основными задачами ОПИиП являются:

• мониторинг и анализ предприятий и организаций, эффективности реализации государственной политики;
• проведение и координация системных исследований;
• разработка планов, мероприятий, программ судостроения.

Во исполнение приведенных задач отделение проводит:

• макроэкономические и технико-экономические исследования;
• мониторинг и анализ направлений реализации государственной политики, основных показателей деятельности предприятий и организаций отрасли;
• прогнозирование развития научного, технологического и производственного потенциала отдельных предприятий и организаций, судостроительной промышленности в целом;
• разработку и обоснование проектов судостроительных программ, программ ремонта, модернизации и переоборудования судов, их утилизации и др. проектов и программ;
  
• разработку и обоснование планов фундаментальных, поисковых и прикладных исследований;
• экспертизу планов, мероприятий, программ и отдельных проектов;
• разработку предложений по совершенствованию методологии программно-целевого планирования развития судостроительной промышленности, информационного моделирования.

В отделение входят следующие отделы:

1. Отдел планов НИОКР
   Отдел занимается прогнозированием развития науки, технологий, техники, формированием программ и планов фундаментальных и поисковых научных исследований в целях научного обеспечения создания перспективной морской техники.
2. Отдел экономики отрасли
   Отдел осуществляет исследование, анализ и прогнозирование основных производственных и финансово-экономических показателей деятельности отрасли; участвует в разработке и мониторинге реализации отраслевых планов импортозамещения; принимает участие в формировании Реестра уникальной стендовой, испытательной базы организаций судостроительной промышленности.
3. Отдел промышленного и технологического анализа
   Отдел на систематической основе решает широкий спектр задач в части формирования программ и планов строительства морской техники. Осуществляет анализ развития производственной базы отрасли, выступает в качестве отраслевого эксперта в области технологического аудита предприятий судостроения. Осуществляет разработку и сопровождение методических документов по оценке уровня технологического развития судостроительной промышленности.
4. Отдел системных исследований
   Отдел занимается проработкой методологических вопросов в рамках программных исследований и планирования деятельности отрасли; осуществляет научно-техническое, методическое и информационное обеспечение планов и основных параметров реализации государственной программы Российской Федерации «Развитие судостроения и техники для освоения шельфовых месторождений на 2013 — 2030 годы», а также составляющих ее подпрограмм и мероприятий.
5. Сектор учета результатов интеллектуальной деятельности
   Сектор ведет деятельность, связанную с информационно-аналитическим, организационно-методическим и экспертным обеспечением работ по управлению результатами интеллектуальной деятельности, создаваемыми предприятиями отрасли в рамках НИОКР по программам. В обеспечение эффективности НИОКР и правовой охраны их результатов, усилиями сектора на предприятии создан отраслевой фонд научно-технических отчетов и отчетов о патентных исследованиях. На сегодняшний день фонд насчитывает более 3400 ед. отчетов.
6. Сектор координации
   Сектор занимается ведением учета, сводом и анализом сведений, касающихся НИОКР, финансируемых в рамках ФЦП «Развитие гражданской̆ морской̆ техники» на 2009-2016 годы и ГП РФ «Развитие судостроения и техники для освоения шельфовых месторождений на 2013-2030 годы»; подготовкой, проведением и публикацией результатов заседаний научно-координационного совета, осуществляющего экспертизу заявок на выполнение НИОКР; формированием сводных тематических отчетов о результатах и ходе выполнения программных мероприятий по НИОКР.