В 1999 г. бюро вошло в состав ФГУП «ЦНИИ им. акад. А.Н.Крылова» в качестве филиала, а в 2008 году было преобразовано в его отделение.

Со времени основания в ЦКБ разработано около 200 проектов, по которым построено более 2600 судов общим водоизмещением свыше 11 млн. т. Все построенные по проектам ЦКБ суда отличаются высокими мореходными качествами и эксплуатационной надежностью.

В бюро были разработаны (во многих случаях впервые в истории отечественного, а порой и мирового судостроения) проекты судов различных типов, составлявших многие десятилетия и до сих пор составляющих основу отечественного морского флота.

ЦКБ отличается широким профилем выполняемых проектных работ и разнообразием тематики разрабатываемых проектов:

• суда для перевозки генеральных, лесных и навалочных грузов;
• наливные суда (нефтетанкеры, химовозы, специализированные танкеры, газовозы);
• паромы (в том числе железнодорожные);
• пассажирские и грузопассажирские суда;
• буксиры;
• суда-спасатели;
• ледоколы и суда ледового плавания;
• научно-исследовательские, научно-экспедиционные и гидрографические суда;
• суда и объекты для морской добычи углеводородного сырья (суда снабжения, завозчики якорей, буровые платформы, плавучие комплексы по переработке углеводородов);
• суда и плавсооружения для освоения минеральных и биологических ресурсов Мирового океана;
• суда и плавсооружения с ядерной энергоустановкой;
• суда технического флота (плавкраны, трубо- и кабелеукладчики, плавучие доки);
• различные нестандартные и уникальные суда и сооружения.

В своей работе ЦКБ «Балтсудопроект» использует самые современные системы автоматизированного проектирования, что в сочетании с высокой квалификацией сотрудников, огромным накопленным опытом, а также опорой на научную и экспериментальную базу ФГУП «Крыловский государственный научный центр» позволяет выполнять любую поставленную перед ЦКБ задачу и по сей день оставаться одним из ведущих проектных бюро в области проектирования судов и объектов морской техники.