12 ноября 2013 года, на основании Приказа Федерального Агентства по Недропользованию № 769 от 06.09.2013 г. и результатов проведенного конкурса между ФГУНПП «Полярная морская геологоразведочная экспедиция» и ФГУП «Крыловский государственный научный центр» (Крыловский ГЦН), был заключен Государственный контракт на разработку проектно-сметной и техно-рабочей документации на реконструкцию научно-исследовательского судна (НИС) «Профессор Логачев».

Проект реконструкции НИС выполнялся ключевым подразделением Крыловского ГНЦ — ЦКБ «Балтсудопроект. В проекте были решены следующие задачи: установлено новое оборудование и созданы условия для работы с новым глубоководным исследовательским оборудованием, улучшены бытовые условия для экипажа, установлено современное наиболее эффективное навигационное оборудование, расширены исследовательские возможности судна. Главные размерения и автономность судна были сохранены.

Конструкторская документация согласована с Российским Морским Регистром Судоходства (РМРС), прошла экспертизы в ЗАО «ЦНИИМФ» и ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в городе Санкт- Петербурге». Проект реконструкции прошел Государственную экспертизу в ЗАО «Южморгеология».

Государственный контракт непосредственно на реконструкцию НИС на основе проведенных конкурсных мероприятий получило ЗАО «Канонерский судоремонтный завод».

13 февраля 2015 г. между Крыловским ГНЦ и ЗАО «Канонерский судоремонтный завод» был заключен договор на техническое сопровождение переоборудования НИС «Профессор Логачев».

В рамках технического сопровождения ЦКБ «Балтсудопроект» было организовано наблюдение за переоборудованием на заводе, оперативно решались все поставленные задачи, выпускались извещения на документацию в связи с выбором нового поставщика, рассматривались и согласовывались материалы, не предусмотренные в проекте.

В целом изменения проектной документации судна в постройке не потребовалось. 15 сентября 2016 г. под наблюдением РМРС специалистами ЦКБ «Балтсудопроект» было успешно проведено кренование судна. 27 сентября 2016 г. НИС убыл на ходовые испытания. ние судна. 27 сентября 2016 г. НИС убыл на ходовые испытания.